Le 2 décembre1804, vingt-quatre délégués des églises réformées de France, dont vingt-deux pasteurs, assistèrent à notre-Dame de Paris au sacre de Napoléon, dont on commémore ces jours-ci le bicentenaire. Ils se retirèrent durant la messe pontificale, mais quelques jours plus tard, le pasteur parisien Marron rendit au pape Pie VII une visite de courtoisie. Ces deux faits donnent la mesure du chemin parcouru, alors que dix-huit ans plus tôt la religion catholique était encore la seule qui fût admise et pratiquée en France.
Sans doute la Révolution française a-t-elle posé en principe et en droit la liberté de culte pour des citoyens égaux devant la loi, ouvrant ainsi la voie à la réintégration des protestants dans la communauté nationale. Mais lorsque Bonaparte, devenu Premier consul en 1799, déclare que la Révolution est finie, les églises réformées sont en piètre état, les pasteurs en nombre insuffisant, et l’exercice du culte est défaillant. On compte alors environ 450 000 réformés, très inégalement répartis sur le territoire, mais que l’annexion de Genève et de Mulhouse en 1798 a sensiblement renforcé, et 200 000 luthériens, concentrés en Alsace et dans le pays de Montbéliard, devenu français en 1793.